Schoolbrede leerlingenraad
Het Calvijn College heeft een schoolbrede leerlingenraad, waarin leerlingen van de diverse locaties participeren. Een vertegenwoordiging hiervan heeft zitting in de medezeggenschapsraad (MR).

Lokale leerlingenraden
Op elke schoollocatie is er een lokale leerlingenraad actief die meedenkt over onderwerpen die te maken hebben met de dagelijkse gang van zaken, zaken die de school en dus henzelf aangaan.

Ouderadviesraden
De locaties Krabbendijke Appelstraat en Krabbendijke Kerkpolder hebben samen één ouderadviesraad (OAR), de andere locaties hebben elk afzonderlijk een ouderadviesraad, bestaande uit circa vijf ouders. De ouderadviesraden hebben contact met de locatiedirecties over allerlei onderwerpen, zoals de sfeer op school, inhoud van themadagen, verkeerssituatie rondom de school en leerlingbegeleiding. Binnen tien weken na aanvang van het cursusjaar vinden er verkiezingen plaats.

Adviesraad van kerken 
Er is een Adviesraad van kerken waarin alle in de statuten genoemde kerkgenootschappen vertegenwoordigd zijn. In dit overleg komt de specifieke relatie tussen school en kerk rondom de jongeren een paar keer per jaar aan de orde.