Eén keer per jaar vindt een algemen ledenvergadering plaats, waarin de toezichthouder zich verantwoordt over de inhoudelijke ontwikkelingen op school. Leden van de schoolvereniging worden op deze manier betrokken bij beleidsvorming en ontwikkelingen op school.
Onder de schoolvereniging functioneert de stichting Calvijn College. De stichting wordt aangestuurd door het College van Bestuur. Zij heeft de algemene leiding over de school. Daarnaast heeft de stichting een Raad van Toezicht. Zij houdt toezicht op de manier waarop het College van Bestuur leiding geeft aan de schoolorganisatie. De leden van de Raad van Toezicht vormen ook het bestuur van de schoolvereniging. Daarmee is de directe lijn tussen de vereniging en de stichting geborgd.
De structuur van het Calvijn College is schematisch weergegeven in een organogram: